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死。十六日，即皇帝位。大赦天下，以第二年为建文元年。当天，葬高皇帝于孝陵。下诏行丧三年。群臣请求用日代月。恭闵帝说“：我并不是效仿古人居丧不言。上朝则戴丧帽穿丧服，退朝则整齐衣冠去掉丧带，饮食则稠粥，郊庙宗社如往常一样。”二十一日，下诏文臣五品以上及州县官吏各推举所熟知有才之人，非其人者加罪。六月，省并州县，革除多余官员。兵部侍郎齐泰为本部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常卿，一同参与军国大事。
秋七月，召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。下诏施行宽大政策，赦免罪犯，蠲免欠交赋税。八月，周王朱木肃犯罪，废为庶人，贬到云南。下诏兴州、营州、开平各卫全家在军伍中的免除一人。天下卫所军中是单丁的放为平民。九月，云南总兵官西平侯沐春死于军中。由左副将何福代领其部众。
冬十一月，工部侍郎张籨为北平布政使，谢贵、张信掌管北平都指挥使司，监察燕国秘密事务。下诏求直言，推举山林才德之士。十二月一日，何福破斩刀干孟，平定麓川。这一月，赏赐天下第二年田租的一半，释放黥军及囚徒回乡里。
这一年，暹罗、占城入朝进贡。
建文元年(1399)，正月初二，受朝贺，不奏乐。九日，在南郊大祭天地，顺便祭祀太祖。修太祖实录。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，庙号兴宗，皇妣常氏曰孝康皇后。尊母妃吕氏曰皇太后，册妃马氏为皇后。封其弟朱允火通为吴王，允坚为衡王，允熙为徐王。立皇长子朱文奎为皇太子。诏告天下，推举遗漏贤才。赏赐民间高寿者米肉丝帛，鳏寡孤独残废者官方负责抚养。重视农桑，兴学校，考察官吏，赈救遭灾贫民，表彰节孝，掩埋暴骨，减免灾荒田租。卫所军户绝后的除去其名额。下诏诸王不得节制文武吏士，改定内外大小官制。三月，隆重祭奠先师孔子。停止天下诸司不急办事务。都督宋忠、徐凯、耿王献率兵屯住开平、临清、山海关。调北平、永清二卫兵于彰德、顺德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人任采访使，分别巡行天下。二十三日，京师地震，求直言。
夏四月，湘王朱柏自焚而死。齐王朱。。、代王朱桂犯罪，废为庶人，派遣燕王世子高炽及其弟高煦、高燧回北平。六月，岷王朱螰犯罪，废为庶人，贬徙漳州。十日，燕山护卫百户倪谅上报发生叛乱，燕旗校于谅等被诛灭。下诏责备燕王朱棣，逮捕燕王府官僚。北平都指挥张信叛乱归附燕王。
秋七月五日，燕王朱棣举兵造反，杀布政使张籨、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振，教授余逢辰死。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等投降燕王。指挥马宣败走蓟州，俞調败走居庸。宋忠向北平挺进，听说事态有变，退守怀来。通州、遵化、密云相继向燕王投降。八日，燕兵攻陷蓟州，马宣战死。十一日，燕兵攻陷居庸关。十六日，攻陷怀来，宋忠，俞調被捉处死，都指挥彭聚、孙泰奋力战死，永平指挥郭亮等叛降燕王。二十四日，谷王朱木惠从宣府奔往京师。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率师征讨燕王朱棣。祭告天地宗庙社稷，削除燕王所属户籍。下诏说“：国家不幸，骨肉周亲多次谋逆叛乱。去年，周庶人朱木肃图谋不轨，牵连燕、齐、湘三王。我因为他们都是我的亲身骨肉的缘故，纠正朱木肃之罪。今年齐王朱。。谋反，又与朱棣、朱柏同谋，朱柏带罪自焚而死，朱。。已废为庶人。朕以为朱棣在所有亲人中是最亲近的，没有彻底追究此事。今天竟然举兵造反，危及国家之安全，得罪了天地祖宗，道义上难以赦免。于是选拔大兵前往征讨。咨询我中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫除逆气，达到长治久安。”不久命安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿王献，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。在真定设立平定燕王之布政使司，由尚书暴昭掌管布政使司之事。
八月十二日，耿炳文兵临真定，徐凯屯兵河间，潘忠、杨松屯兵莫阝州。十五日，燕兵攻陷雄县，潘忠、杨松与燕兵战于月漾桥，被擒。莫阝州城陷。二十五日，耿炳文与燕兵战于滹沱河以北，大败，李坚、宁忠、顾成被擒，耿炳文只好退守真定。燕兵攻城不克，引兵而去。建文帝遂召辽王朱植、宁王朱权归京师，朱权不到，下诏削其护卫。三十日，曹国公李景隆为征虏大将军，代替耿炳文。九月一日，吴高、耿王献、杨文率辽东兵，围攻永平。十一日，李景隆兵住河间，燕兵援救永平，吴高退保山海关。
冬十月，燕兵从刘家口秘密取道袭陷大宁，守将朱鉴战死。总兵官刘真、都督陈亨援救大宁，陈亨叛降燕军。燕王以宁王朱权及朵颜三卫士兵归北平。十五日，李景隆围北平，燕兵回救。十一月五日，李景隆及燕军战于郑村坝，大败，逃往德州，诸军全线溃崩。燕王朱棣再两次上书于朝廷。建文帝为罢除齐泰、黄子澄官职，仍留在京师。
建文二年(1400)正月初一，下诏天下来朝官员不要庆贺。二日，隆重祭奠先师孔子。二月，燕兵攻陷蔚州，进攻大同。李景隆从德州赶来增援，燕兵又退回北平。保定知府雒佥叛降燕军。二十九日，又以都察院为御史府，协调江苏、浙东田赋。下诏说：“国家有必供之赋税，然而江、浙赋税独重，而苏州、松江官田全部以私税为准，用征一时，不能成为定制。现在全部予以减免，每亩不得超过一斗。苏、松人仍然可到户部做官。”三月初一日，有日食。赏赐胡广等进士及第，出身各有差别。
夏四月二十四日，李景隆与燕兵战于白沟河，大败燕军。第二天又战，官军失利，都督瞿能、越。。侯俞渊、指挥滕聚等皆战死，李景隆逃奔德州。五月七日，退到济南。十六日，李景隆又在济南城下失败，向南逃走。参政铁铉、都督盛庸竭尽全力抵御。六月十六日，遣尚宝丞李得成告谕燕王收兵。
秋八月一日，承天门发生火灾，下诏求直言。十六日，盛庸、铁铉击败燕军，解济南围，复取德州。九月，下诏审查洪武年间功臣罪废者后裔。十日，封盛庸为历城侯，铁铉为山东布政使，参与军国事务。不久进升为兵部尚书。以盛庸为平燕将军，都督陈晖、平安为副将。盛庸屯兵德州，平安及吴杰屯兵定州，徐凯屯兵沧州。
冬十月，召李景隆回京，赦免不诛。二十九日，燕兵袭击沧州，徐凯被擒。十二月四日，燕兵侵犯济宁，迫近东昌。二十五日，盛庸击败燕兵，斩其大将张玉。二十六日，又战，再败燕兵，燕兵败走馆陶。盛庸军势大振，号召各屯军一起进攻燕军，以断燕军归路。
建文三年(1401)春正月初一日，神宝落成，祭告天地宗庙，在奉天殿接受朝臣祝贺。五日，吴杰、平安合击燕兵于深州，不利。十一日，大祭天地于南郊。十七日，在太庙祭祀。宣告东昌大捷。恢复齐泰、黄子澄官职。三月二十二日，盛庸败燕军于夹河，斩其大将谭渊。再战失利，都指挥庄得、楚智等奋力战死。二十三日，又战，全军溃败，盛庸败走德州。二十八日，都督何福增援德州。三月四日，贬齐泰、黄子澄，告谕燕王收兵。十日，吴杰、平安与燕军战于藁城，溃败，只好退保真定。燕兵攻掠真定、顺德、广平、大名。朱棣上书请求召回诸将罢兵，派大理少卿薛岩前往朝廷报告。这一月，礼制修成，颁行全国。
夏五月二十六日，盛庸用兵扼守燕军粮饷道路，不克。朱棣又遣使上书，来使被下狱。六月十五日，燕将李远侵犯沛县，焚烧粮船。二十五日，都督袁宇攻击李远，失败。
秋七月二日，燕军夺取彰德。十日，平安从真定进攻北平。十五日，大同守将房昭率兵由紫金关奔向保定，驻易州西水寨。九月十八日，平安与燕将刘江战于北平，溃败，平安只好回保真定。
冬十月二日，真定诸将遣兵增援房昭，与燕王战于齐眉山，失败。十一月八日，辽东总兵官杨文进攻永平，与刘江战于昌黎，溃败。十五日，平安败燕军李彬于杨村。十二月九日，燕兵焚烧真定军用储备。下诏中官奉使侵暴吏民者，由所在官吏惩治。这一月，驸马都尉梅殷镇守淮安。太祖实录修成。
建文四年(1402)春正月初一日，在蒙化召见原周王朱木肃，让其留居京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华、济阳教谕王省皆战死。十八日，魏国公徐辉祖率师增援山东，燕兵攻陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死。三十日，迫近徐州。二月一日，都督何福及陈晖、平安陈军济宁，盛庸陈兵淮河上。二十六日，改定品官功勋等级。三月，燕兵攻宿州，平安迫至淝河，斩其大将王真，遇到伏兵而溃败，宿州陷落。
夏四月十五日，何福、平安败燕军于小河，斩其将陈文。二十二日，徐辉祖等在齐眉山打败燕军，斩其将李斌，燕兵害怕，图谋北归。这时，建文帝听信讹言，说燕兵已经投降，召徐辉祖回京，何福陷入孤立无援。二十八日，诸将与燕兵大战于灵壁，诸将全军溃败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明均被擒获。五月一日，杨文率辽东兵赶赴济南，在直沽被击溃。七日，盛庸军在淮河上被击溃，燕兵渡过淮河，直趋扬州。指挥王礼等叛降燕军，御使王彬、指挥崇刚则战死。十九日，燕兵到六合，诸军迎战，失败。二十日，下诏天下救援京师，派遣御使大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道征兵。召齐泰、黄子澄还京。苏州知府姚善、宁波知府王王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方，各起兵入卫。二十二日，遣庆成郡主到燕军中去，讨论割地罢兵之事。
六月初一日，盛庸率舟师败燕军于浦子口，再战不利。都督佥事陈王宣以舟师叛附燕王。三日，燕兵渡过长江，与盛庸战于高资港，官军溃败。六日，镇江守将童俊叛降燕王。八日，燕军到龙潭。九日，命诸王分守都城，派李景隆及兵部尚书茹王常、都督王佐到燕军中去，重申割地罢兵之约。十日，又派谷王朱木惠，安王朱楹前往。燕王均不理睬。十三日，遣使者送蜡书四出，催促勤王兵。十四日，燕兵侵犯金川门，左都督徐增寿图谋内应，被诛灭。谷王朱木惠及李景隆叛降，接纳燕兵入城，都城陷落。宫中大火，建文帝不知所终。燕王遣中使在火中找出帝后尸体，过八天即二十一日安葬。
有的说建文帝由地道出逃。正统五年(1440)，有僧人从云南到广西，诈称是建文皇帝。思恩知府岑瑛上报于朝廷。经审问，是钧州人杨行祥，年已九十余岁，投入监狱，过了四个月死去。与其同谋僧人十二人均贬戍辽东。从此以后，滇、黔、巴、蜀间，相传有建文帝当僧人往来的行踪。正德、万历、崇祯间，诸臣请求续封建文帝后裔，并加庙号谥号，下部讨论，没有执行。大清乾隆元年(1735)，下诏廷臣集议，追谥号为恭闵惠皇帝。
评论：惠帝天性仁厚。登基之切，亲贤好学，召用方孝孺等人。典章制度，锐意复古。他曾因病而辍朝，尹昌隆进谏，惠帝即刻引以自咎，宣告他疏于中外朝政，自我切责。又免除军卫单丁，减免苏、松重税，皆使百姓得到很大实惠。建文朝灭亡后，此期纪年又称洪武，此后子孙臣民以纪载为嫌，民间传疑，无不错误。更越圣朝，得经典论定，尊名统一为惠，君主之德得以彰示天下，美啊。
死。十六日，即皇帝位。大赦天下，以第二年为建文元年。当天，葬高皇帝于孝陵。下诏行丧三年。群臣请求用日代月。恭闵帝说“：我并不是效仿古人居丧不言。上朝则戴丧帽穿丧服，退朝则整齐衣冠去掉丧带，饮食则稠粥，郊庙宗社如往常一样。”二十一日，下诏文臣五品以上及州县官吏各推举所熟知有才之人，非其人者加罪。六月，省并州县，革除多余官员。兵部侍郎齐泰为本部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常卿，一同参与军国大事。
秋七月，召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。下诏施行宽大政策，赦免罪犯，蠲免欠交赋税。八月，周王朱木肃犯罪，废为庶人，贬到云南。下诏兴州、营州、开平各卫全家在军伍中的免除一人。天下卫所军中是单丁的放为平民。九月，云南总兵官西平侯沐春死于军中。由左副将何福代领其部众。
冬十一月，工部侍郎张籨为北平布政使，谢贵、张信掌管北平都指挥使司，监察燕国秘密事务。下诏求直言，推举山林才德之士。十二月一日，何福破斩刀干孟，平定麓川。这一月，赏赐天下第二年田租的一半，释放黥军及囚徒回乡里。
这一年，暹罗、占城入朝进贡。
建文元年(1399)，正月初二，受朝贺，不奏乐。九日，在南郊大祭天地，顺便祭祀太祖。修太祖实录。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，庙号兴宗，皇妣常氏曰孝康皇后。尊母妃吕氏曰皇太后，册妃马氏为皇后。封其弟朱允火通为吴王，允坚为衡王，允熙为徐王。立皇长子朱文奎为皇太子。诏告天下，推举遗漏贤才。赏赐民间高寿者米肉丝帛，鳏寡孤独残废者官方负责抚养。重视农桑，兴学校，考察官吏，赈救遭灾贫民，表彰节孝，掩埋暴骨，减免灾荒田租。卫所军户绝后的除去其名额。下诏诸王不得节制文武吏士，改定内外大小官制。三月，隆重祭奠先师孔子。停止天下诸司不急办事务。都督宋忠、徐凯、耿王献率兵屯住开平、临清、山海关。调北平、永清二卫兵于彰德、顺德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人任采访使，分别巡行天下。二十三日，京师地震，求直言。
夏四月，湘王朱柏自焚而死。齐王朱。。、代王朱桂犯罪，废为庶人，派遣燕王世子高炽及其弟高煦、高燧回北平。六月，岷王朱螰犯罪，废为庶人，贬徙漳州。十日，燕山护卫百户倪谅上报发生叛乱，燕旗校于谅等被诛灭。下诏责备燕王朱棣，逮捕燕王府官僚。北平都指挥张信叛乱归附燕王。
秋七月五日，燕王朱棣举兵造反，杀布政使张籨、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振，教授余逢辰死。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等投降燕王。指挥马宣败走蓟州，俞調败走居庸。宋忠向北平挺进，听说事态有变，退守怀来。通州、遵化、密云相继向燕王投降。八日，燕兵攻陷蓟州，马宣战死。十一日，燕兵攻陷居庸关。十六日，攻陷怀来，宋忠，俞調被捉处死，都指挥彭聚、孙泰奋力战死，永平指挥郭亮等叛降燕王。二十四日，谷王朱木惠从宣府奔往京师。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率师征讨燕王朱棣。祭告天地宗庙社稷，削除燕王所属户籍。下诏说“：国家不幸，骨肉周亲多次谋逆叛乱。去年，周庶人朱木肃图谋不轨，牵连燕、齐、湘三王。我因为他们都是我的亲身骨肉的缘故，纠正朱木肃之罪。今年齐王朱。。谋反，又与朱棣、朱柏同谋，朱柏带罪自焚而死，朱。。已废为庶人。朕以为朱棣在所有亲人中是最亲近的，没有彻底追究此事。今天竟然举兵造反，危及国家之安全，得罪了天地祖宗，道义上难以赦免。于是选拔大兵前往征讨。咨询我中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫除逆气，达到长治久安。”不久命安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿王献，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。在真定设立平定燕王之布政使司，由尚书暴昭掌管布政使司之事。
八月十二日，耿炳文兵临真定，徐凯屯兵河间，潘忠、杨松屯兵莫阝州。十五日，燕兵攻陷雄县，潘忠、杨松与燕兵战于月漾桥，被擒。莫阝州城陷。二十五日，耿炳文与燕兵战于滹沱河以北，大败，李坚、宁忠、顾成被擒，耿炳文只好退守真定。燕兵攻城不克，引兵而去。建文帝遂召辽王朱植、宁王朱权归京师，朱权不到，下诏削其护卫。三十日，曹国公李景隆为征虏大将军，代替耿炳文。九月一日，吴高、耿王献、杨文率辽东兵，围攻永平。十一日，李景隆兵住河间，燕兵援救永平，吴高退保山海关。
冬十月，燕兵从刘家口秘密取道袭陷大宁，守将朱鉴战死。总兵官刘真、都督陈亨援救大宁，陈亨叛降燕军。燕王以宁王朱权及朵颜三卫士兵归北平。十五日，李景隆围北平，燕兵回救。十一月五日，李景隆及燕军战于郑村坝，大败，逃往德州，诸军全线溃崩。燕王朱棣再两次上书于朝廷。建文帝为罢除齐泰、黄子澄官职，仍留在京师。
建文二年(1400)正月初一，下诏天下来朝官员不要庆贺。二日，隆重祭奠先师孔子。二月，燕兵攻陷蔚州，进攻大同。李景隆从德州赶来增援，燕兵又退回北平。保定知府雒佥叛降燕军。二十九日，又以都察院为御史府，协调江苏、浙东田赋。下诏说：“国家有必供之赋税，然而江、浙赋税独重，而苏州、松江官田全部以私税为准，用征一时，不能成为定制。现在全部予以减免，每亩不得超过一斗。苏、松人仍然可到户部做官。”三月初一日，有日食。赏赐胡广等进士及第，出身各有差别。
夏四月二十四日，李景隆与燕兵战于白沟河，大败燕军。第二天又战，官军失利，都督瞿能、越。。侯俞渊、指挥滕聚等皆战死，李景隆逃奔德州。五月七日，退到济南。十六日，李景隆又在济南城下失败，向南逃走。参政铁铉、都督盛庸竭尽全力抵御。六月十六日，遣尚宝丞李得成告谕燕王收兵。
秋八月一日，承天门发生火灾，下诏求直言。十六日，盛庸、铁铉击败燕军，解济南围，复取德州。九月，下诏审查洪武年间功臣罪废者后裔。十日，封盛庸为历城侯，铁铉为山东布政使，参与军国事务。不久进升为兵部尚书。以盛庸为平燕将军，都督陈晖、平安为副将。盛庸屯兵德州，平安及吴杰屯兵定州，徐凯屯兵沧州。
冬十月，召李景隆回京，赦免不诛。二十九日，燕兵袭击沧州，徐凯被擒。十二月四日，燕兵侵犯济宁，迫近东昌。二十五日，盛庸击败燕兵，斩其大将张玉。二十六日，又战，再败燕兵，燕兵败走馆陶。盛庸军势大振，号召各屯军一起进攻燕军，以断燕军归路。
建文三年(1401)春正月初一日，神宝落成，祭告天地宗庙，在奉天殿接受朝臣祝贺。五日，吴杰、平安合击燕兵于深州，不利。十一日，大祭天地于南郊。十七日，在太庙祭祀。宣告东昌大捷。恢复齐泰、黄子澄官职。三月二十二日，盛庸败燕军于夹河，斩其大将谭渊。再战失利，都指挥庄得、楚智等奋力战死。二十三日，又战，全军溃败，盛庸败走德州。二十八日，都督何福增援德州。三月四日，贬齐泰、黄子澄，告谕燕王收兵。十日，吴杰、平安与燕军战于藁城，溃败，只好退保真定。燕兵攻掠真定、顺德、广平、大名。朱棣上书请求召回诸将罢兵，派大理少卿薛岩前往朝廷报告。这一月，礼制修成，颁行全国。
夏五月二十六日，盛庸用兵扼守燕军粮饷道路，不克。朱棣又遣使上书，来使被下狱。六月十五日，燕将李远侵犯沛县，焚烧粮船。二十五日，都督袁宇攻击李远，失败。
秋七月二日，燕军夺取彰德。十日，平安从真定进攻北平。十五日，大同守将房昭率兵由紫金关奔向保定，驻易州西水寨。九月十八日，平安与燕将刘江战于北平，溃败，平安只好回保真定。
冬十月二日，真定诸将遣兵增援房昭，与燕王战于齐眉山，失败。十一月八日，辽东总兵官杨文进攻永平，与刘江战于昌黎，溃败。十五日，平安败燕军李彬于杨村。十二月九日，燕兵焚烧真定军用储备。下诏中官奉使侵暴吏民者，由所在官吏惩治。这一月，驸马都尉梅殷镇守淮安。太祖实录修成。
建文四年(1402)春正月初一日，在蒙化召见原周王朱木肃，让其留居京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华、济阳教谕王省皆战死。十八日，魏国公徐辉祖率师增援山东，燕兵攻陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死。三十日，迫近徐州。二月一日，都督何福及陈晖、平安陈军济宁，盛庸陈兵淮河上。二十六日，改定品官功勋等级。三月，燕兵攻宿州，平安迫至淝河，斩其大将王真，遇到伏兵而溃败，宿州陷落。
夏四月十五日，何福、平安败燕军于小河，斩其将陈文。二十二日，徐辉祖等在齐眉山打败燕军，斩其将李斌，燕兵害怕，图谋北归。这时，建文帝听信讹言，说燕兵已经投降，召徐辉祖回京，何福陷入孤立无援。二十八日，诸将与燕兵大战于灵壁，诸将全军溃败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明均被擒获。五月一日，杨文率辽东兵赶赴济南，在直沽被击溃。七日，盛庸军在淮河上被击溃，燕兵渡过淮河，直趋扬州。指挥王礼等叛降燕军，御使王彬、指挥崇刚则战死。十九日，燕兵到六合，诸军迎战，失败。二十日，下诏天下救援京师，派遣御使大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道征兵。召齐泰、黄子澄还京。苏州知府姚善、宁波知府王王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方，各起兵入卫。二十二日，遣庆成郡主到燕军中去，讨论割地罢兵之事。
六月初一日，盛庸率舟师败燕军于浦子口，再战不利。都督佥事陈王宣以舟师叛附燕王。三日，燕兵渡过长江，与盛庸战于高资港，官军溃败。六日，镇江守将童俊叛降燕王。八日，燕军到龙潭。九日，命诸王分守都城，派李景隆及兵部尚书茹王常、都督王佐到燕军中去，重申割地罢兵之约。十日，又派谷王朱木惠，安王朱楹前往。燕王均不理睬。十三日，遣使者送蜡书四出，催促勤王兵。十四日，燕兵侵犯金川门，左都督徐增寿图谋内应，被诛灭。谷王朱木惠及李景隆叛降，接纳燕兵入城，都城陷落。宫中大火，建文帝不知所终。燕王遣中使在火中找出帝后尸体，过八天即二十一日安葬。
有的说建文帝由地道出逃。正统五年(1440)，有僧人从云南到广西，诈称是建文皇帝。思恩知府岑瑛上报于朝廷。经审问，是钧州人杨行祥，年已九十余岁，投入监狱，过了四个月死去。与其同谋僧人十二人均贬戍辽东。从此以后，滇、黔、巴、蜀间，相传有建文帝当僧人往来的行踪。正德、万历、崇祯间，诸臣请求续封建文帝后裔，并加庙号谥号，下部讨论，没有执行。大清乾隆元年(1735)，下诏廷臣集议，追谥号为恭闵惠皇帝。
评论：惠帝天性仁厚。登基之切，亲贤好学，召用方孝孺等人。典章制度，锐意复古。他曾因病而辍朝，尹昌隆进谏，惠帝即刻引以自咎，宣告他疏于中外朝政，自我切责。又免除军卫单丁，减免苏、松重税，皆使百姓得到很大实惠。建文朝灭亡后，此期纪年又称洪武，此后子孙臣民以纪载为嫌，民间传疑，无不错误。更越圣朝，得经典论定，尊名统一为惠，君主之德得以彰示天下，美啊。